Спасо-Преображенский монастырь основан прпп. Зосимой и Германом Соловецкими чудотворцами на том месте, над которым прп. Зосиме в 1436 г. явилось чудо — «на воздухе в небесном осиянии простертое изображение прекрасной церкви». Здесь были построены первые келейные корпуса и сооружен деревянный храм в честь Преображения Господня с приделом во имя св. Николая Чудотворца. В 1485 и 1538 годах монастырь был опустошен пожаром. Каменное строительство монастыря началось в 50-х годах XVI в. при св. игумене Филиппе (Колычеве), будущем митрополите Московском. Были воздвигнуты центральные храмы обители — Успенский собор с Трапезной и Келарской палатами (1552-1557гг.) и Спасо-Преображенский собор (1558-1566гг.). При игумене Иакове в 1582-1594 гг. монастырь ограждается стенами из многотонных валунов. Пятиугольная планировка обители напоминает громадный корабль, плывущий к югу. Уникальный архитектурный ансамбль обители, складывавшийся на протяжении пяти столетий, является национальным достоянием. В 1993 г. Соловецкий историко-культурный комплекс включен в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, в 1995 г. вошел в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.

В многовековой истории монастыря выделяются события, связанные со знаменитым «Соловецким сидением» — выступлением иноков против церковной реформы (1667-1675 гг.); посещением обители Петром I (1696, 1702 гг.); с нападением на монастырь англо-французской эскадры (1854, 1855 гг.).

В летописи и патерики обители вписаны имена многочисленных святых и подвижников, а также крупных государственных и церковных деятелей России, в число которых входят первоначальники монастыря, прпп. Зосима и Герман Соловецкие (XV в.), прп. Елисей Сумский (XV—XVI), свт. Филипп, митрополит Московский, прпп. Иоанн и Лонгин Яренгские, прпп. Вассиан и Иона Пертоминские (XVI в.), прп. Иринарх, игумен Соловецкий, прп. Диодор Юрьегорский, прп. Елеазар Анзерский, свт. Маркелл, архиепископ
Вологодский и Белоезерский, (XVII в.), Патриархи Московские Иоасаф I и Никон (XVII в.), прп. Иов (в схиме Иисус) Анзерский, митрополит Ростовский Арсений (Мацевич) (XVIII в.), прпмч. архимандрит Вениамин (Кононов) и иеромонах Никифор (Кучин) (XX в.), монах-строитель Трифон (Кологривов) , знаменитый летописец и государственный деятель Авраамий (Палицын), летописец Сергий (Шелонин) (XVII в.).

В иконописной школе обители учился известный художник А.А. Борисов. Среди деятелей русской культуры, посещавших монастырь, были художники В.В. Верещагин, М.В. Нестеров, писатели С.В. Максимов, Вас.И. Немирович-Данченко, М.М. Пришвин, В.В. Шергин и многие другие.

Во времена концлагеря в монастыре размещалось I отделение СЛОН. Здесь находились в заключении священник, философ, ученый, о. Павел Флоренский, Российкий экзарх католической церкви протопресвитер Леонид (Федоров), католический архиепископ Ян (Цепляк), наследственный мулла из Афганистана Саид Султан Кабир-Шах, академик Д.С. Лихачев, ученые Н.Н. Виноградов, А.А. Евневич, П.К. Казаринов, В.П. Никольский, В.В. Бахтин, генерал А.Е. Снесарев, писатели О.В. Волков, Ю.И. Чирков, Б.Н. Ширяев, поэты Б. Евреинов, Ю. Казарновский, В. Кемецкий, художники О.Э. Браз, К.Н. Половцева, деятели искусства Н.Я. Выгодский, А.С. Курбас и многие, многие тысячи узников разных национальностей и вероисповеданий.

Восстановление деятельности Спасо-Преображенского монастыря (1990 г.) началось с северного дворика, где в настоящее время находятся братские кельи (Наместнический корпус) и прочие монастырские службы. В надвратной церкви Благовещения Пресвятой Богородицы ныне покоятся мощи прпп. Зосимы, Савватия, Германа Соловецких чудотворцев и новомученика святителя Петра (Зверева), архиепископа Воронежского. Здесь совершаются постоянные богослужения. На престольные праздники службы совершаются во всех сохранившихся храмах и приделах обители. Экспозиции Соловецкого музея-заповедника развернуты в Настоятельском корпусе, дирекция музея располагается в Святительском корпусе. В Иконописной палате открыта экспозиция Церковно-археологического кабинета монастыря.